SOAL 1 (BLAST Deep Analysis)
Hit terbaik:
- A: E = 1e-50, identity 95%
- B: E = 1e-20, identity 98%
A. A
B. B
C. Sama
D. Tidak valid
E. B karena identity
✅ Jawaban: A
🧠Pembahasan:
E-value lebih penting karena menunjukkan probabilitas kecocokan acak.
- 1e-50 ≪ 1e-20 → jauh lebih signifikan
👉 meskipun identity sedikit lebih rendah, A lebih kuat secara statistik
SOAL 2 (ORF)
ORF panjang tanpa stop codon berarti…
A. Non-coding
B. Gen aktif
C. Rusak
D. RNA
E. Intron
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
ORF panjang → kemungkinan besar region yang dapat ditranslasikan → kandidat gen protein-coding.
SOAL 3 (Alignment Konservatif)
Residue konservatif menunjukkan…
A. Tidak penting
B. Situs aktif
C. Mutasi
D. Intron
E. Random
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Residue konservatif dipertahankan selama evolusi → biasanya penting untuk fungsi (misal situs aktif enzim).
SOAL 4 (Bootstrap Tree)
Bootstrap 95% berarti…
A. Mutasi tinggi
B. Kepercayaan tinggi
C. Evolusi cepat
D. Salah
E. Random
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Bootstrap = pengulangan sampling data
95% → cabang tersebut muncul konsisten → sangat dipercaya.
SOAL 5 (RNA-seq Normalisasi)
Normalisasi diperlukan untuk…
A. Menghapus gen
B. Membandingkan sampel
C. Mengubah DNA
D. Menghapus noise
E. Mengubah protein
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
RNA-seq memiliki variasi jumlah read → normalisasi memastikan perbandingan antar sampel valid.
SOAL 6 (Clustering Gen)
Gen dalam cluster sama berarti…
A. Tidak terkait
B. Fungsi sama
C. Tidak aktif
D. Rusak
E. Random
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Ekspresi mirip → kemungkinan diatur bersama → fungsi biologis terkait.
SOAL 7 (SNP Coding)
SNP mengubah asam amino disebut…
A. Silent
B. Missense
C. Nonsense
D. Frameshift
E. Neutral
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Missense = perubahan satu asam amino → bisa mempengaruhi fungsi protein.
SOAL 8 (Genome Duplication)
Efek utama duplikasi genom adalah…
A. Gen hilang
B. Variasi meningkat
C. DNA rusak
D. Evolusi berhenti
E. Protein hilang
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Duplikasi → gen tambahan → evolusi fungsi baru (neofungsi).
SOAL 9 (Promoter)
TATA box berfungsi…
A. Terminasi
B. Inisiasi transkripsi
C. Translasi
D. Replikasi
E. Mutasi
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Tempat pengikatan RNA polimerase → awal transkripsi.
SOAL 10 (Protein Homologi)
Homologi tinggi berarti…
A. Fungsi beda
B. Struktur mirip
C. Tidak terkait
D. Rusak
E. Tidak aktif
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Homologi tinggi → struktur dan fungsi biasanya mirip.
SOAL 11 (Gene Ontology)
Gene Ontology menjelaskan…
A. DNA
B. Fungsi gen
C. Mutasi
D. Energi
E. Protein
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
GO mengklasifikasikan:
- Fungsi molekuler
- Proses biologis
- Lokasi seluler
SOAL 12 (Fold Change)
Fold change tinggi berarti…
A. Tidak berubah
B. Perbedaan ekspresi besar
C. Rusak
D. Tidak aktif
E. Tidak penting
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Fold change = perbandingan ekspresi antar kondisi.
SOAL 13 (Jarak Genetik)
Jarak besar berarti…
A. Dekat
B. Jauh
C. Sama
D. Tidak berubah
E. Tidak relevan
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Semakin besar perbedaan sekuens → semakin jauh kekerabatan.
SOAL 14 (Motif DNA)
Motif konservatif berarti…
A. Random
B. Regulasi penting
C. Rusak
D. Tidak aktif
E. Mutasi
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Motif seperti binding site → penting dalam regulasi gen.
SOAL 15 (Alignment Score)
Skor tinggi berarti…
A. Berbeda
B. Mirip
C. Rusak
D. Mutasi
E. Tidak relevan
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Skor tinggi = banyak kesamaan sekuens.
SOAL 16 (Isoform)
Isoform terjadi karena…
A. Mutasi
B. Alternative splicing
C. Replikasi
D. Translasi
E. Degradasi
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Satu gen → banyak protein berbeda.
SOAL 17 (Integrasi Omics)
Tujuan integrasi omics adalah…
A. Menghapus data
B. Memahami sistem biologis
C. Mengurangi gen
D. Menghapus protein
E. Mengubah DNA
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Integrasi multi-level → pemahaman sistem kompleks.
SOAL 18 (Network Biology)
Node dengan banyak koneksi adalah…
A. Tidak penting
B. Hub gene
C. Mutasi
D. Rusak
E. Tidak aktif
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Hub gene penting → mengontrol banyak jalur.
SOAL 19 (Clustering ML)
Clustering termasuk…
A. Supervised
B. Unsupervised
C. Reinforcement
D. Random
E. Tidak ada
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Clustering = tanpa label → unsupervised learning.
SOAL 20 (Integratif Ekstrem)
Gen dengan konservasi tinggi + ekspresi tinggi →
A. Tidak penting
B. Gen esensial
C. Mutasi
D. Tidak aktif
E. Junk
✅ Jawaban: B
🧠Pembahasan:
Ciri gen penting:
- Dipertahankan evolusi
- Aktif tinggi
👉 biasanya vital untuk kehidupan
